O Catálogo Taxonômico da Fauna do Brasil é resultado do esforço colaborativo de mais de 500 zoólogos especializados em diversos grupos de animais nativos do Brasil. Este banco de dados oferece descrições morfológicas detalhadas e padronizadas, informações sobre nomenclatura, distribuição geográfica e chaves de identificação para animais tanto nativos quanto não nativos encontrados no Brasil.
O pacote faunabr oferece um conjunto de funções desenvolvidas para acessar, filtrar e espacializar da Fauna do Brasil.
get_faunabr(): baixa a versão mais recente ou uma
versão anterior do banco de dados da Fauna do Brasil.fauna_version(): verifica se você possui a versão mais
recente dos dados da Fauna do Brasil disponível em um diretório.load_faunabr(): carrega o banco de dados da Fauna do
Brasil para o R.translate_faunabr(): traduz os dados de “forma de vida
(lifeForm)”, “origem (origin)”, “habitat”, “ranking taxonômico
(taxonRank)” e “Status Taxonômico (taxonomicStatus)” entre Português e
Inglês.fauna_attributes(): exibe todas as opções disponíveis
para filtrar espécies de acordo com suas características.select_fauna(): filtra espécies com base em suas
características e distribuição.extract_binomial(): extrai o nome binomial (Gênero +
epíteto específico) de um nome científico completo (Gênero + epíteto
específico + Autor + Ano)fauna_synonym(): obtém os sinônimos para as
espécies.check_fauna_names(): verifica se os nomes das espécies
estão corretos.subset_fauna(): obtém um subconjunto de espécies da
Fauna do Brasil.fauna_spat_occ(): obtém polígonos espaciais
(SpatVectors) de espécies com base em sua distribuição.filter_faunabr(): remove ou sinaliza registros fora das
áreas naturais de ocorrência das espécies.fauna_pam(): obtém uma matriz de presença-ausência de
espécies com base em sua distribuição.Todos os dados incluídos no Fauna do Brasil (nomenclatura, forma de vida, distribuição, etc.) são armazenados em conjuntos de dados no formato Darwin Core Archive, que são atualizados frequentemente. Antes de baixar os dados disponíveis no Fauna do Brasil, precisamos criar uma pasta para salvar os dados:
#Criando uma pasta em um diretório temporário
#Substitua 'file.path(tempdir(), "faunabr")' por um caminho de pasta a ser
#criada em seu computador
my_dir <- file.path(file.path(tempdir(), "faunabr"))
dir.create(my_dir)Agora você pode utilizar a função get_faunabr para obter
a versão mais recente dos dados:
get_faunabr(output_dir = my_dir, #Pasta para salvar os dados
data_version = "latest", #Obter a versão mais recente
translate = FALSE, #Manter versão original em português
overwrite = T) #Sobrescrever dados, se eles já existiremA função levará alguns segundos para baixar os dados e alguns minutos
para mesclar os conjuntos de dados em um único data.frame.
Após a conclusão bem-sucedida, você encontrará uma pasta nomeada com a
versão do Fauna do Brasil. Esta pasta contém o conjunto de dados bruto
baixado (arquivos TXT em português) e um arquivo chamado
CompleteBrazilianFauna.gz. Este último representa o
conjunto de dados final mesclado. Por padrão, os dados são traduzidos
para o inglês, mas aqui mantemos a versão original em português
definindo translate = TRUE.
Você também tem a opção de baixar uma versão mais antiga específica
do conjunto de dados da Fauna do Brasil. Para explorar as versões
disponíveis, consulte este
link. Para baixar uma versão específica, basta substituir
latest pelo número da versão desejada. Por exemplo:
get_faunabr(output_dir = my_dir, #Pasta para salvar os dados
data_version = "1.10", #Versão 1.10, publicada em 01-02-2024
translate = FALSE, #Manter versão original em português
overwrite = T) #Sobrescrever dados, se eles já existiremComo mencionado anteriormente, você encontrará uma pasta chamada ‘1.10’ dentro do diretório designado.
Para visualizar as versões disponíveis no seu diretório especificado, execute:
fauna_version(data_dir = my_dir)
#> You have the following versions of Fauna do Brasil:
#> 1.17
#> 1.10
#> It includes the latest version: 1.17Para utilizar as outras funções do pacote, você precisa carregar os
dados em seu ambiente R. Para isso, utilize a função
load_faunabr(). Por padrão, a função buscará
automaticamente pela versão mais recente disponível no seu diretório. No
entanto, você tem a opção de especificar uma versão particular usando o
parâmetro data_version. Além disso, você pode escolher entre
duas versões dos dados: a versão resumida ‘short’ (contendo as 21
colunas necessárias para executar as outras funções do pacote) ou a
versão completa ‘completa’ (com todas as 32 colunas originais). A função
importa a versão ‘short’ por padrão.
#Short version
bf <- load_faunabr(data_dir = my_dir,
data_version = "latest",
type = "short") #resumida
#> Loading version 393.401
colnames(bf) #Ver colunas da versão resumida
#> [1] "species" "subspecies" "scientificName"
#> [4] "validName" "kingdom" "phylum"
#> [7] "class" "order" "family"
#> [10] "genus" "lifeForm" "habitat"
#> [13] "states" "countryCode" "origin"
#> [16] "taxonomicStatus" "nomenclaturalStatus" "vernacularName"
#> [19] "taxonRank" "id" "language"Note que a versão completa possui 11 colunas adicionais:
#Complete version
bf_complete <- load_faunabr(data_dir = my_dir,
data_version = "latest",
type = "complete") #completa
colnames(bf_complete) #Ver colunas da versão completa
#> [1] "id" "taxonID"
#> [3] "species" "subspecies"
#> [5] "scientificName" "validName"
#> [7] "validNameUsage" "parentNameUsage"
#> [9] "namePublishedInYear" "higherClassification"
#> [11] "kingdom" "phylum"
#> [13] "class" "order"
#> [15] "family" "genus"
#> [17] "specificEpithet" "infraspecificEpithet"
#> [19] "taxonRank" "scientificNameAuthorship"
#> [21] "taxonomicStatus" "nomenclaturalStatus"
#> [23] "vernacularName" "lifeForm"
#> [25] "habitat" "origin"
#> [27] "states" "countryCode"
#> [29] "modified" "bibliographicCitation"
#> [31] "relationshipOfResource" "language" Por padrão, os dados baixados do Catálogo Taxonômico da Fauna do
Brasil são traduzidos para o inglês, a menos que você defina
translate = FALSE na função get_faunabr(). No
entanto, é possível usar a função translate_faunabr() para
traduzir os dados carregados entre inglês e português:
# Traduzir do português para o inglês
bf_ingles <- translate_faunabr(data = bf, to = "en")
# Ver formas de vida (em ingles)
fauna_attributes(bf_ingles, "lifeForm")
#> $lifeForm
#> lifeForm
#> 1 colonial
#> 2 commensal
#> 3 ectoparasite
#> 4 ectoparasitoid
#> 5 endoparasite
#> 6 endoparasitoid
#> 7 epibiont
#> 8 eusocial
#> 9 free_living_individual
#> 10 herbivore
#> 11 hyperparasitoid
#> 12 inquiline
#> 13 mutualistic
#> 14 polynizer
#> 15 predator
#> 16 sessile
# Traduzir do inglês para o português
bf_portugues <- translate_faunabr(data = bf_ingles, to = "pt_br")
#Ver formas de vida disponíveis em portugues novamente
fauna_attributes(bf_portugues, "lifeForm")
#> $lifeForm
#> lifeForm
#> 1 colonial
#> 2 comensal
#> 3 ectoparasito
#> 4 ectoparasitoide
#> 5 endoparasito
#> 6 endoparasitoide
#> 7 epibionte
#> 8 eussocial
#> 9 herbivoro
#> 10 hiperparasitoide
#> 11 inquilino
#> 12 mutual
#> 13 polinizador
#> 14 predador
#> 15 sessil
#> 16 vida_livre_individual